南科管理局從成立時即對園區注入「綠色概念」的發展方向，讓南科「綠能」與「生技」成為鮮明的發展旗幟，成為台灣綠能產業研發重心。

南科管理局長陳俊偉表示，在園區管理局多年積極推廣綠能產業下，南科園區以完整的太陽光電上中下游產業鏈吸引廠商進駐，台灣重要綠能大廠也相繼擴大在南科的發展計畫。像是台灣太陽光電龍頭廠商茂迪宣布在南科擴產，而矽晶片廠商綠能科技也已進駐南科，促進與本土設備廠商共同發展。

LED產業聚落目前則有晶元、晶發、新世紀、光鋐等LED廠商，藉由這些大廠以吸引其他上游材料及下游封裝、系統廠商至南科形成產業聚落，朝建構南科為台灣最大的綠能產業聚落方向邁進。

根據光電協進會的統計，以2009年來說，台灣的綠能產業LED與PV兩產業的總產值為36億美元，約占全球的17％。南科綠能產值為296億新台幣，占台灣總產值的30％，已成為台灣的綠能產業重鎮，其重要性不言而喻。

另一項帶領南科園區成長的重要產業，即是醫材生技產業，為推動台灣生技醫療器材產業聚落發展，激勵產業投入前瞻技術自主性研發，並整合學術研發能量，南科管理局也積極在高雄園區打造指標性生技園區產業聚落，強化區域競爭力。截至今年8月，南科的生物技術產業營業額達33.44億元，產能相當驚人。

面對中國大陸的競爭，南科管理局長陳俊偉對於未來台灣高科技產業的發展深具信心，台灣的優質人力素質及三個科學園區的群聚效應就是台灣的優勢，一個讓競爭者難以超越的門檻。他認為，南科的發展優勢不僅在於產業聚落效應，更是廣義地包含了產、官、學、研、醫與服務業的完整經濟體，南科園區未來的發展，將繼續在綠能與生技的兩大主軸下，成為領航產業的最佳範例。